Berdirinya program studi Pebankan Syariah tidak terlepas dari ide dan gagasan bersama civitas akademika kampus IAIN Pontianak. Bermula dari melihat fenomena perkembangan lembaga keuangan syariah dan geliat masyarakat di lapangan. Berdirinya Bank Muamalat pada tahun 1999 merupakan salah satu pemicunya. Jauh sebelum itu geliat ekonomi syariah sudah menjadi pembahasan di dunia kampus. Untuk itu muncul inisiasi dari sivitas akademika kampus IAIN Pontianak untuk segera menggagas dan mengusulkan pendirian program studi Perbankan Syariah.

Setelah penunjukan panitia oleh ketua STAIN Pontianak (sekarang IAIN Pontianak), maka panitia bekerja maksimal untuk membuat proposal pendirian prodi baru. Setelah proposal dan studi kelayakan selesai maka panitia beserta jajaran di tingkat fakultas syariah mengajukan ke Kementerian Agama Republik Indonesia. Kementerian Agama pun menerima proposal tim pengusul dan masuk dalam agenda pembahasan tim untuk dibahas kelayakannya.

Beberapa bulan berjalan, maka pada tahun 2012 keluarlah izin penyelenggaran program studi strata satu (S.1) pada Sekolah Tinggi Agama Islam Negeri (STAIN) Pontianak, tepatnya pada tanda tanggal 13 bulan Agustus tahun 2013. Sejak itulah secara de jure dan de facto Program Studi Perbankan Syariah resmi berdiri. Maka pada tanggal 13 Agustus 2013 ditetapkanlah hari jadi Program Studi Perbankan Syariah Fakultas Ekonomi dan Bisnis Islam Institut Agama Islam Negeri (IAIN) Pontianak.